關於美人洞的由來有許多故事，其一說法是島上的婦女清晨常常到美人洞洗衣服、挑水，島上的男人經常看到從此洞出來的婦女都是美人，因此得名美人洞。另一說法則是傳說在明朝萬曆年間，蘇州有一位漂亮姑娘隨父親行船出海，海上遇到大風浪，船隻不幸傾覆，蘇州姑娘最後扶著最後的船板，慢慢飄到小琉球島上躲在此洞裡，但最後餓死於此。據說有時晚上這位很美的姑娘會顯靈出現在附近，因此得名美人洞。